Prepar3D hat den Vorteil gegenüber dem FSX, dass hier regelmäßig Updates von Lockheed Martin bereitgestellt werden, weshalb man gut den Prepar3D updaten kann. Generell sind die Updates innerhalb einer Versionsnummer kostenlos. Das heißt, dass alle Updates z.B. der Version 4, 4.1, 4.2, 4.3 … kostenlos und im Preis inkludiert sind. Updates zu anderen Versionsnummern sind hingegen kostenpflichtig wie das Update von Prepar3D 3.4 auf Prepar3D v4 – hier muss man den regulären Anschaffungspreis zahlen.